Việc thể chế hoá chủ trương và thực thi các văn bản pháp luật liên quan đến các KCN cần được thực hiện nghiêm túc.Trong quá trình các dự án triển khai ở KCN cần phải bảo đảm thực hiện theo đúng quy hoạch tổng thể đã được phê duyệt. Các dự án đi vào hoạt động cần phảo có đầu mối xử lý những vướng mắc, khó khăn phát sinh. Quá trình sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp cần có sự kiểm tra, giám sát nhằm hạn chế tình trạng vi phạm những quy định đối với doanh nghiệp KCN như không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế, sản xuất kinh doanh không đúng với giấy phép đăng ký, gây ô nhiễm môi trường. Mặt khác, việc giám sát các doanh nghiệp KCN trong việc sử dụng lao động nhằm bảo vệ lợi ích của người lao động là việc rất quan trọng. Để giúp chính phủ quản lý hoạt động của các KCN trên địa bàn các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, ngoài các bộ, ngành trung ương và các UBND tỉnh, chính phủ đã quyết định thành lập Ban quản lý KCN cấp tỉnh.
Đây là cơ quan quản lý trực tiếp các KCN trong phạm vi địa lý hành chính của một tỉnh, thực hiện cơ chế quản lý "một cửa, tại chỗ". Ban quản lý KCN cấp tỉnh thực hiện một số nhiệm vụ quản lý nhà nước về đầu tư, xây dựng, thương mại, lao động… Một số nội dung quản lý thuộc lĩnh vực chuyên ngành như hải quan, công an, thuế vụ thực hiện theo phương thức các cơ quan này đặt đại diện đủ thẩm quyền giải quyết trực tiếp tại từng KCN. Ban quản lý KCN cấp tỉnh trực tiếp làm đầu mối và xử lý các vấn đề cụ thể theo quy định. Trong thời gian qua, Ban quản lý KCN Nghệ An đã tổ chức lại bộ máy quản lý theo quyết định của chính phủ và bước đầu đã làm tương đối tốt chức năng quản lý nhà nước của mình theo cơ chế "một cửa, tại chỗ". Ban quản lý KCN Nghệ An đã tích cực hướng dẫn hỗ trợ, tạo môi trường thuận lợi để các doanh nghiệp KCN có thể hoạt động hiệu quả, giảm chi phí tối đa. Ban đã giúp đỡ doanh nghiệp giải quyết nhiều khó khăn vướng mắc trong quá trình triển khai dự án, đã tổ chức các hoạt động đa dạng hỗ trợ doanh nghiệp được các nhà đầu tư ghi nhận như một đóng góp tích cực trong công cuộc cải cách hành chính, thúc đẩy đầu tư kinh doanh.
Tuy nhiên, công tác quản lý nhà nước ở các KCN Nghệ An vẫn còn nhiều bất cập, hạn chế, yếu kém. Việc đổi mới Ban quản lý các KCN Nghệ An để đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ trong thời gian tới là hết sức cần thiết. Đổi mới phải theo hướng gọn nhẹ, kiên trì nguyên tắc "một cửa, tại chỗ", tính độc lập cao, phân công nhiệm vụ rõ ràng, khả năng xử lý mau lẹ. Ban quản lý phải đủ trình độ và năng lực điều hành, quản lý những doanh nghiệp cùng với các sản phẩm đòi hỏi chất lượng cao của các ngành công nghiệp trong nền kinh tế thị trường. Thời gian tới, cần tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức bộ máy quản lý nhà nước của các KCN Nghệ An. Vì đây là đối tượng quản lý nhà nước đặc biệt có tính đặc thù (ban quản lý KCN cấp tỉnh chỉ được thành lập ở tỉnh nào có đủ điều kiện, do thủ tướng chính phủ quyết định thành lập và bổ nhiệm trưởng ban). Cần gắn chặt hơn nữa sự chỉ đạo của UBND tỉnh và sự phối hợp của các ban, ngành với Ban quản lý KCN. Khi KCN có nhiều doanh nghiệp hoạt động thì cần tăng cường sự hỗ trợ, hướng dẫn của cấp trên.
